Génomique en sciences de la mer

Présentation

Le contenu de l'enseignement contiendra les éléments pédagogiques suivants :

- Méthodes de séquençage (1h CM) (L. Maignien)

- Séquençage et annotation des génomes (3h CM) + annotation et assemblage des génomes (4h TP) (L. Maignien)

- Transcriptomique: micro-arrays,  séquençage et analyse de jeux de données transcriptomiques (4h CM) + Analyses de données transcriptomiques (3h TP)

- Génétique fonctionnelle : outils de génétique inverse : CRISP/Cas9, ARN interférence (3 CM) 

- Génomique environnementale : métagénome et diversité microbienne (2h CM) 

-  Taxonomie, phylogénétique moléculaire, bar coding of life (4h CM + 2h TD)

- Génomique des populations (RADseq, genome scan,…) (4h CM) 

- Protéomique (3h CM + 3h TD) 

Le contenu de l'enseignement consiste en des Cours théoriques, études de cas, exercices, analyse de publications.

Evaluation : Contrôle écrit sur table lors d’un partiel pour les cours-TD.

 

Pré-requis nécessaires

Bases de biochimie et de biologie moléculaire, analyses statistiques

Objectifs

La génomique étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d’une communauté etc. dans une situation/condition donnée à l'échelle du/des génome(s).

Les avancées technologiques en lien avec le séquençage massif et les développements bio-informatiques permettant ces études seront présentées dans cette UE en considérant deux domaines de la génomique et ses applications en sciences de la mer.

i)              La génomique dite structurale, qui englobe le séquençage et l’étude des génomes et ses applications dans plusieurs domaines : techniques de séquençage haut débit de nouvelles générations, métagénomique, phylogénie, génétique des populations…

ii)            La génomique fonctionnelle, qui vise à déterminer la fonction et l'expression des gènes séquencés en caractérisant son fonctionnement, le transcriptome, le protéome.

 Ces techniques de génomique sont appliquées dans de nombreux domaines des sciences de mer, notamment : l’exploration des fonctions associées aux gènes en physiologie/pathologie, l’étude du polymorphisme génétique et des phénomènes d’adaptation ; la phylogénie ; l’étude des communautés de micro-organismes dans un échantillon complexe,  l’analyse de l'histoire évolutive des êtres vivants en lien avec leur écosystème, comme l’évolution des relations hôtes-pathogène

Compétences visées

 Les compétences à acquérir par l’étudiant dans cette UE sont :

- Connaître les techniques de génomique, transcriptomique et protéomique utilisées actuellement en recherche.

- Avoir des connaissances sur les applications de ces techniques dans le domaine des sciences de la mer.

- Etre capable de faire le lien entre les techniques présentées dans cette UE et leurs utilisations dans des cas d’études présentées dans d’autres UEs (exemples d’UE)