Génomique en sciences de la mer

Présentation

Le contenu de l'enseignement contiendra les éléments pédagogiques suivants :

- Méthodes de séquençage (1h CM) (L. Maignien)

- Séquençage et annotation des génomes (3h CM) + annotation et assemblage des génomes (4h TP) (L. Maignien)

- Transcriptomique: micro-arrays,  séquençage et analyse de jeux de données transcriptomiques (4h CM) + Analyses de données transcriptomiques (3h TP)

- Génétique fonctionnelle : outils de génétique inverse : CRISP/Cas9, ARN interférence (3 CM) 

- Génomique environnementale : métagénome et diversité microbienne (2h CM) 

-  Taxonomie, phylogénétique moléculaire, bar coding of life (4h CM + 2h TD)

- Génomique des populations (RADseq, genome scan,…) (4h CM) 

- Protéomique (3h CM + 3h TD) 

Le contenu de l'enseignement consiste en des Cours théoriques, études de cas, exercices, analyse de publications.

Evaluation : Contrôle écrit sur table lors d’un partiel pour les cours-TD.

 

Pré-requis nécessaires

Bases de biochimie et de biologie moléculaire, analyses statistiques

Compétences visées

 Les compétences à acquérir par l’étudiant dans cette UE sont :

- Connaître les techniques de génomique, transcriptomique et protéomique utilisées actuellement en recherche.

- Avoir des connaissances sur les applications de ces techniques dans le domaine des sciences de la mer.

- Etre capable de faire le lien entre les techniques présentées dans cette UE et leurs utilisations dans des cas d’études présentées dans d’autres UEs (exemples d’UE)