Génomique en sciences de la mer

Présentation

Le contenu de l'enseignement contiendra les éléments pédagogiques suivants :

- Méthodes de séquençage (1h CM) (L. Maignien)

- Séquençage et annotation des génomes (3h CM) + annotation et assemblage des génomes (4h TP) (L. Maignien)

- Transcriptomique: micro-arrays,  séquençage et analyse de jeux de données transcriptomiques (4h CM) + Analyses de données transcriptomiques (3h TP)

- Génétique fonctionnelle : outils de génétique inverse : CRISP/Cas9, ARN interférence (3 CM) 

- Génomique environnementale : métagénome et diversité microbienne (2h CM) 

-  Taxonomie, phylogénétique moléculaire, bar coding of life (4h CM + 2h TD)

- Génomique des populations (RADseq, genome scan,…) (4h CM) 

- Protéomique (3h CM + 3h TD) 

Le contenu de l'enseignement consiste en des Cours théoriques, études de cas, exercices, analyse de publications.

Evaluation : Contrôle écrit sur table lors d’un partiel pour les cours-TD.

 

Pré-requis nécessaires

Bases de biochimie et de biologie moléculaire, analyses statistiques

Compétences visées

 Les compétences à acquérir par l’étudiant dans cette UE sont :

- Connaître les techniques de génomique, transcriptomique et protéomique utilisées actuellement en recherche.

- Avoir des connaissances sur les applications de ces techniques dans le domaine des sciences de la mer.

- Etre capable de faire le lien entre les techniques présentées dans cette UE et leurs utilisations dans des cas d’études présentées dans d’autres UEs (exemples d’UE)

Modalités de contrôle des connaissances

Session 1 ou session unique - Contrôle de connaissances

Nature de l'enseignementModalitéNatureDurée (min.)NombreCoefficientRemarques
CTEcrit - devoir surveillé1201100%

Session 2 : Contrôle de connaissances

Nature de l'enseignementModalitéNatureDurée (min.)NombreCoefficientRemarques
CTOral201100%