Génomique en sciences de la mer
Présentation
Le contenu de l'enseignement contiendra les éléments pédagogiques suivants :
- Méthodes de séquençage (1h CM) (L. Maignien)
- Séquençage et annotation des génomes (3h CM) + annotation et assemblage des génomes (4h TP) (L. Maignien)
- Transcriptomique: micro-arrays, séquençage et analyse de jeux de données transcriptomiques (4h CM) + Analyses de données transcriptomiques (3h TP)
- Génétique fonctionnelle : outils de génétique inverse : CRISP/Cas9, ARN interférence (3 CM)
- Génomique environnementale : métagénome et diversité microbienne (2h CM)
- Taxonomie, phylogénétique moléculaire, bar coding of life (4h CM + 2h TD)
- Génomique des populations (RADseq, genome scan,…) (4h CM)
- Protéomique (3h CM + 3h TD)
Le contenu de l'enseignement consiste en des Cours théoriques, études de cas, exercices, analyse de publications.
Evaluation : Contrôle écrit sur table lors d’un partiel pour les cours-TD.
Pré-requis nécessaires
Bases de biochimie et de biologie moléculaire, analyses statistiques
Compétences visées
Les compétences à acquérir par l’étudiant dans cette UE sont :
- Connaître les techniques de génomique, transcriptomique et protéomique utilisées actuellement en recherche.
- Avoir des connaissances sur les applications de ces techniques dans le domaine des sciences de la mer.
- Etre capable de faire le lien entre les techniques présentées dans cette UE et leurs utilisations dans des cas d’études présentées dans d’autres UEs (exemples d’UE)