Ecologie microbienne marine

Présentation

Les communautés microbiennes, phototrophes,

autotrophes et hétérotrophes, sont pleinement

impliquées dans les grands cycles biogéochimiques,

en particulier celui du carbone, mais il faut également

compter aujourd'hui avec les virus dont le rôle était

jusqu'à peu totalement ignoré. L'objectif est de

connaître et savoir reconnaître la diversité des

communautés microbiennes, ses caractéristiques

physiologiques et comprendre le rôle des espèces et

assemblages microbiens phototrophes et

hétérotrophes ainsi que celui des virus dans les

différents compartiments de l'écosystème marin, de

la surface de la colonne d'eau aux sédiments marins

profonds en passant par les sources hydrothermales.

Pré-requis nécessaires

Licence de Biologie, VAE ou équivalent

Descriptif

L'enseignement est découpé en CM, TD et TP en laboratoire et sortie

bateau pour réalisation de prélèvements.

Il portera sur :

- Technique d'étude et d'analyse de l'abondance et de la diversité microbienne, bactéries, archées et virus

- Place des microorganismes dans le réseau trophique

- Contribution au fonctionnement de la boucle microbienne dans la colonne d'eau

- Facteur de régulation des communautés microbiennes en milieu ouvert

- L'océan profond

- Les sources hydrothermales

- Les écosystèmes polaires, notions de biogéographie

- Microbes et pathologie en milieu aquatique

- Abondance et diversité virale en milieu marin

- Impact écologique des virus dans l'océan

 

En TP :

analyse de l'abondance et de la diversité des communautés microbiennes par approche moléculaire et culturale.

Recherche, estimation de l'abondance et de la diversité virale par techniques microscopiques (épifluorescence et électronique à transmission)