Génomique bactérienne
Présentation
Il s'agit d'une UE mutualisée entre l'UBO et l'UR1 avec des CM en visioconférence
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Module |
Nom |
Horaires |
Format enseignement |
Langue |
Mutualisation |
Equipe pédagogique |
Responsable | |||
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CM |
TD |
TP |
Terrain | |||||||
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1 |
GBA-1 |
12 |
0 |
0 |
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Présentiel visio UR1 - UBO |
Fr |
Non |
Microbiologie UR1 |
Carlos Blanco |
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2 |
GBA-2 |
12 |
0 |
0 |
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Présentiel visio UR1 - UBO |
Fr |
Non |
Microbiologie UBO |
Lois Maignien |
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3 |
GBA-3 |
0 |
6 |
0 |
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Présentiel UR1 |
Fr |
Non |
Microbiologie UR1 |
Carlos Blanco |
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4 |
GBA-4 |
0 |
6 |
0 |
|
Présentiel UBO |
Fr |
Non |
Microbiologie UBO |
Lois Maignien |
Présentation de la structure des génomes microbiens de leur plasticité (recombinaison et transfert de gènes horizontaux). Séquençage et annotation des génomes. Introduction à la génomique comparative, la phylogenomique et au concept de pangenome. Visualisation des génomes. Les génomes microbiens dans les bases de donnée.
Pré-requis nécessaires
Notions de bactériologie générale et de physiologie bactérienne
Compétences visées
- Obtenir un génome microbien dans les bases de données
- Savoir séquencer et annoter un génome microbien
- Comparer les génomes, identifier les syntenies, les transferts horizontaux et les évènements de recombinaison, les origines de réplication, les éléments genetiques mobiles.
- Génomes de population et pangenome: phylogénomique
Descriptif
I- Structure du génome
II- Le transfert horizontal
III- Génomique comparative
Modalités de contrôle des connaissances
Session 1 ou session unique - Contrôle de connaissances
| Nature de l'enseignement | Modalité | Nature | Durée (min.) | Nombre | Coefficient | Remarques |
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| CM | CC | Ecrit - devoir surveillé |
Session 2 : Contrôle de connaissances
| Nature de l'enseignement | Modalité | Nature | Durée (min.) | Nombre | Coefficient | Remarques |
|---|---|---|---|---|---|---|