Génomique bactérienne

Présentation

Il s'agit d'une UE mutualisée entre l'UBO et l'UR1 avec des CM en visioconférence

Module

Nom

Horaires

Format

enseignement

Langue

Mutualisation

Equipe pédagogique

Responsable

CM

TD

TP

Terrain

1

GBA-1

12

0

0

 

Présentiel visio UR1 - UBO

Fr

Non

Microbiologie UR1

Carlos Blanco

2

GBA-2

12

0

0

 

Présentiel visio UR1 - UBO

Fr

Non

Microbiologie UBO

Lois Maignien

3

GBA-3

0

6

0

 

Présentiel UR1

Fr

Non

Microbiologie UR1

Carlos Blanco

4

GBA-4

0

6

0

 

Présentiel UBO

Fr

Non

Microbiologie UBO

Lois Maignien

Présentation de la structure des génomes microbiens de leur plasticité (recombinaison et transfert de gènes horizontaux). Séquençage et annotation des génomes. Introduction à la génomique comparative, la phylogenomique et au concept de pangenome. Visualisation des génomes. Les génomes microbiens dans les bases de donnée.

Pré-requis nécessaires

Notions de bactériologie générale et de physiologie bactérienne

Compétences visées

-          Obtenir un génome microbien dans les bases de données

-          Savoir séquencer et annoter un génome microbien

-          Comparer les génomes, identifier les syntenies, les transferts horizontaux et les évènements de recombinaison, les origines de réplication, les éléments genetiques mobiles.

-          Génomes de population et pangenome: phylogénomique

Descriptif

I- Structure du génome

II- Le transfert horizontal

III- Génomique comparative

Modalités de contrôle des connaissances

Session 1 ou session unique - Contrôle de connaissances

Nature de l'enseignementModalitéNatureDurée (min.)NombreCoefficientRemarques
CMCCEcrit - devoir surveillé

Session 2 : Contrôle de connaissances

Nature de l'enseignementModalitéNatureDurée (min.)NombreCoefficientRemarques