Génomique bactérienne
Présentation
Il s'agit d'une UE mutualisée entre l'UBO et l'UR1 avec des CM en visioconférence
Module |
Nom |
Horaires |
Format enseignement |
Langue |
Mutualisation |
Equipe pédagogique |
Responsable | |||
CM |
TD |
TP |
Terrain | |||||||
1 |
GBA-1 |
12 |
0 |
0 |
|
Présentiel visio UR1 - UBO |
Fr |
Non |
Microbiologie UR1 |
Carlos Blanco |
2 |
GBA-2 |
12 |
0 |
0 |
|
Présentiel visio UR1 - UBO |
Fr |
Non |
Microbiologie UBO |
Lois Maignien |
3 |
GBA-3 |
0 |
6 |
0 |
|
Présentiel UR1 |
Fr |
Non |
Microbiologie UR1 |
Carlos Blanco |
4 |
GBA-4 |
0 |
6 |
0 |
|
Présentiel UBO |
Fr |
Non |
Microbiologie UBO |
Lois Maignien |
Présentation de la structure des génomes microbiens de leur plasticité (recombinaison et transfert de gènes horizontaux). Séquençage et annotation des génomes. Introduction à la génomique comparative, la phylogenomique et au concept de pangenome. Visualisation des génomes. Les génomes microbiens dans les bases de donnée.
Pré-requis nécessaires
Notions de bactériologie générale et de physiologie bactérienne
Compétences visées
- Obtenir un génome microbien dans les bases de données
- Savoir séquencer et annoter un génome microbien
- Comparer les génomes, identifier les syntenies, les transferts horizontaux et les évènements de recombinaison, les origines de réplication, les éléments genetiques mobiles.
- Génomes de population et pangenome: phylogénomique
Descriptif
I- Structure du génome
II- Le transfert horizontal
III- Génomique comparative