Phylogénie des Organismes Marins
Présentation
Cette UE présente une partie théorique durant laquelle diverses notions générales sont présentées, ainsi que toutes les étapes d’une étude phylogénétique, jusqu’aux études consacrées au ‘Barcoding of Life’.
Cette UE s’appuie sur une semaine dédiée à des Travaux Pratiques, en salle de biologie moléculaire mais également en salle de Bioinfo, permettant à l’étudiant de mettre en pratique ses acquis (mesure de critères morphologiques pertinents, extraction et purification d’ADN extrait de diverses espèces, isolement et amplification par PCR de marqueurs moléculaires, alignement de séquences, construction d’arbres phylogénétiques, interprétation des résultats. Les Travaux Dirigés permettront à l’étudiant d’avoir une vision de ce qu’il se fait dans la recherche actuelle, par l’apprentissage du travail sur des publications internationales.
La semaine dédiée aux Travaux Pratiques permettra à l’étudiant d’acquérir les techniques de phylogénie moléculaire et aura pour but de le rendre autonome face à ces techniques largement utilisées en laboratoire de recherche. Dans un premier temps, l’approche pratique se fera sur les algues marines mais pourra tout aussi bien se faire, par la suite, sur des organismes animaux et sur les végétaux supérieurs.
Responsable de l'UE : Valérie STIGER-POUVREAU
Objectifs
Cette UE donnera à l’étudiant une vision concrète des techniques modernes utilisées pour classer les organismes dans la systématique (à différents rangs taxonomiques).
Compétences visées
Acquisition de bases solides sur les différentes techniques utilisées en phylogénie, de l’analyse morphologique d’organismes, en passant par l’extraction d’ADN, l’isolement de marqueurs moléculaires jusqu’à l’interprétation de résultats obtenus à partir d’arbres phylogénétiques.
Descriptif
- CM :
I. Notion d’espèce - Définitions
II. La spéciation – Mécanismes d’isolement reproductif
III. Classification
IV. Les phylogénies et choix des marqueurs
V. Morphologie/molécules
VI. Barcoding of life
VII. Classification actuelle aux vues des analyses moléculaires : Exemple des algues marines, des mollusques, des mammifères marins et des plantes terrestres - TD : Travail sur des publications récentes sur la phylogénie moléculaire + travail sur la systématique actuelle
- TP : Démonstration pratique: une semaine de TP
- Analyse morphologique
- Extraction jusqu’à l’isolement de marqueurs
- Traitement de séquences + construction d’arbres
- Confrontation arbres sur critères morphologiques versus arbres sur critères moléculaires