Génomique protéomique

Pré-requis nécessaires

Les prérequis sont une connaissance de la structure de base des génomes, et des mécanismes généraux de l’expression des gènes.

Objectifs

L’UE Génomique Protéomique du Master 1 Biologie Santé aborde les différentes facettes de la génomique : génomique structurale, génomique comparative et génomique fonctionnelle, et offre un cadre pour réfléchir aux implications des analyses à haut débit dans différents aspects de la biologie, notamment sur la façon dont la génomique a modifié (encore) la définition d'un gène chez les eucaryotes. 

Compétences visées

Au terme de l’UE, l’étudiant pourra :

• Expliquer les principes fondamentaux des trois volets de la génomique : structurale, comparative, fonctionnelle.
• Expliquer le principe des approches expérimentales à haut débit (puces à ADN et du séquençage massif de l'ARN, analyse du protéome)
• Mobiliser leurs connaissances pour proposer un plan expérimental basé sur des approches à haut-débit afin de répondre à une question scientifique donnée.
• Rechercher des informations sur un gène ou une région d’intérêt en consultant des bases de données dédiées (NCBI, Ensembl, OMIM, etc)
• Identifier et extraire les principaux résultats d’un article de recherche afin de les présenter de façon synthétique (compétence transversale)

Descriptif

Le contenu des CM porte notamment sur l’évolution du séquençage des acides nucléiques, la génomique structurale et comparative, la diversité du monde ARN (codant et non codants), les mécanismes épigénétiques, la génomique fonctionnelle (analyses transcriptomiques et protéomiques).

Les étudiants seront en particulier initiés aux principales méthodes d’analyse du transcriptome (technologie des puces à ADN et du séquençage massif de l'ARN) et du protéome.

Dans le cadre de séances de TD, les étudiants analyseront et présenteront un article scientifique de recherche, permettant d’illustrer et d’approfondir des méthodologies et concepts étudiés en cours.

Des TP sont inclus pour permettre aux étudiants de se familiariser à des techniques de base, préalables à la compréhension des expériences à haut débit (comparaison de différentes conditions de transfection de cellules humaines ; analyse d’une protéine d’intérêt par Western-Blot).

Une séance de bioinformatique est proposée dans le cadre de l’étude d’une protéine d’intérêt (ABC transporteur mitochondrial) pour permettre aux étudiants de rechercher des séquences protéiques sur différentes bases de données, d’établir des alignements de séquences homologues (BLASTP, Clustalw) et de visualiser la structure protéique (Pymol).