ADM - Analyse Données Metabarcodes

Objectifs

L’objectif de cette UE est de présenter les récents progrès dans ce domaine ainsi que former les étudiants à l’utilisation de ces jeux de données pour l’écogenomique microbienne. A l’issus de ce cours, ils pourront établir un protocole expérimental intégrant les contraintes et avantages des NGS, manipuler et filtrer ces données, et construire les matrices d’observation nécessaires à l’analyse de la diversité des communautés microbiennes basé sur le séquençage des banques de d’amplicons (ARNr 16S) . La maitrise d’outils statistiques et de visualisation leurs permettra de tester des hypothèses et répondre à des questions scientifiques.

Une part importante de cet enseignement se fera sous la forme de tutoriels informatiques sur des jeux de données réels afin d’acquérir l’autonomie nécessaire à l’analyse des séquences d’acides nucléiques.

Compétences visées

-       Connaitre les méthodes moléculaires permettant d’étudier la structure et la dynamique des communautés microbiennes (amplicons 16S)

-       Connaitre les stratégies de préparation des banques d’acides nucléiques, les aspects théorique et techniques de l’utilisation des nouvelles méthodes de séquençages et leur application à l’étude des microorganismes et communautés microbiennes.

-       Connaitre et utiliser les principales méthodes statistiques et bioinformatiques de traitement et d’analyse des données de séquençage haut-débit, savoir manipuler ces jeux de données au moyen de logiciels et pipeline dédiés et/ou de scripts informatiques simples

-       Etablir un plan expérimental et d’échantillonnage en fonction des hypothèses et des méthodes choisies.

-       Acquérir un regard critique sur l’utilisation des ces méthodes au travers d’exemples pris dans la littérature récente.