Master MicrobiologieParcours Microbiologie fondamentale et appliquée

Présentation

Présentation

Le Master Microbiologie Fondamentale et Appliquée (MFA) est une formation qui existe uniquement dans le grand ouest (Bretagne et Pays de Loire). Ce Master, issu de la fusion des formations existantes en microbiologie à Rennes (UR1) et Brest (UBO), fédère tous les acteurs de la Microbiologie du grand Ouest (Mer, Environnement, Santé, Industrie). Le Master MFA est adossé à un large éventail d’unités de recherche universitaires propres ou associées (CNRS, IFREMER, INSERM...).

En première année (parcours similaires sont proposés dans les deux universités (UBO et UR1)), le tronc commun comprend l'étude approfondie des métabolismes, de la génétique  et des régulations mais également l’étude des microbiomes et holobiomes incluant la génération et l'analyse de données ou banque de données qualifiées d'omiques (génomiques, transcriptomiques, protéomiques, métagénomiques, métatranscrip-tomiques, métabolomiques…) et la réactivité des microorganismes aux environnements variables. D'autres enseignements seront abordés pour l’acquisition de connaissances plus généralistes: anglais, élaboration d'un projet de recherche, insertion professionnelle et connaissances du monde du travail. Dans un souci d'adaptabilité, des enseignements spécifiques seront dispensés pour connaître les différents secteurs et domaines d'activités.

Il existe une forte mutualisation des enseignements (UBO et UR1) en M1 et M2, ce qui permet d’avoir un socle commun de connaissances important permettant des cours à la pointe de la connaissance.

La deuxième année est constituée d'un tronc commun obligatoire représentant 60% de l’enseignement et d'une partie optionnelle permettant d'acquérir des notions spécifiques indispensables à la connaissance de chaque domaine d'activité.

Dans les deux années du Master MFA, des mutualisations de modules sont réalisées au sein de chaque établissement avec d’autres mentions. C'est le cas des modules d’anglais, d’économie et d’insertion professionnelle.

Objectifs

L'objectif premier du Master MFA est de répondre aux différentes attentes sociétales où la microbiologie est au cœur des différents processus dans différents domaines d'application que sont les environnements marins et terrestres, l'agro-alimentaire et la santé.

Le Master MFA (UBO-UR1) a ainsi pour objectif de développer chez les étudiants :

  • leur capacité à appréhender une question scientifique de manière efficace et argumentée dans l’ensemble des domaines d'application où les micro-organismes sont au cœur des réactions et transformations biologiques en lien avec leur environnement.
  • leur aptitude à développer et à présenter clairement des argumentations pertinentes pour répondre à des problèmes posés tout en examinant les antécédents, les enjeux et les conséquences potentielles.
  • leur esprit critique, leur créativité et une rigueur scientifique afin de ne pas se satisfaire de solutions toutes faites et leur capacité à innover et à proposer des stratégies nouvelles
  • un esprit de synthèse et une culture générale capable de nourrir, d’informer et d’approfondir cette capacité à innover et à faire le lien entre diverses disciplines et à travailler dans un contexte multidisciplinaire.
  • leurs polyvalence et adaptabilité en couplant leurs compétences disciplinaires et leurs connaissances des différents secteurs d'activité et domaines d'application.

Compétences acquises

Socle de compétences : 

• Acquisition de connaissances fondamentales et appliquées dans les domaines de la biologie, génétique, génomique, biologie moléculaire, biologie cellulaire, physiologie, écologie des microorganismes (procaryotes (bactéries et archées), microeucaryotes, virus).

• Conception, mise en œuvre de protocoles expérimentaux.

• Acquisition de la maîtrise de l’environnement expérimental : conception de protocoles expérimentaux, réalisation, analyse statistique et  interprétation des résultats expérimentaux.

Compétences transversales :

• Compréhension et maniement de l’anglais technique du domaine.

• Connaissance de techniques de management, marketing et gestion de structure.

• Maîtrise de techniques de présentation écrite et orale et d’animation de réunions.

Compétences spécifiques :

• Connaissance des principaux concepts en microbiologie.

• Connaissance des méthodologies d’étude des microorganismes (culture, biochimie, biologie moléculaire, microscopie) et de leur rôle dans l’environnement.

• Développer des études fondamentales de biologie utilisant des modèles microbiens

• Capacité d’intégration de données issues de différents niveaux d’intégration (moléculaire, cellulaire, tissulaire, systémique, environnementales) aux divers aspects de la microbiologie (biologie cellulaire, biologie moléculaire, écologie…).

• Connaissance de la diversité métabolique et phylogénétique des microorganismes en vue d’applications

Admission inscription

Conditions d'accès

MASTER 1 : modalités de recrutement  : dossier de candidature et entretien

Pièces à joindre : CV, lettre de motivation, les programmes des précédentes années d’études, copie de diplômes, relevés de notes postbac,

Candidature M1 via l'application https://www.trouvermonmaster.gouv.fr/

Candidature M2 via l'application https://ecandidat.univ-brest.fr/ecandidat/#!accueilView

Programme

M1

Semestre 7

GGR - Génétique, Génomique Microbienne et Régulations6 crédits36h
PMP - Physiologie et Métabolisme 3 crédits30h
MAD - Métabolisme et Adaptation6 crédits36h
APO - Approches Omiques3 crédits30h
ADM - Analyse Données Metabarcodes3 crédits23h
Préparation à la vie professionnelle6 crédits
1 EC d'anglais au choix selon résultats
1 option(s) au choix parmi 2
Anglais3 crédits22h
Anglais certification3 crédits22h
Communication2 crédits22h
Entreprise1 crédits10h
BEB - Bionformatique et Biostatistiques3 crédits32h

Semestre 8

MSE - Microbiologie et Stratégies Expérimentales3 crédits34h
BBA - Base de la Biologie des Archées3 crédits30h
Préparation à la vie professionnelle6 crédits
Anglais3 crédits22h
Communication2 crédits22h
Entreprise1 crédits10h
Stage6 crédits
Option S8 (12 ECTS à choisir)
4 option(s) au choix parmi 9
GP - Génomique et Protéomique3 crédits44h
Microbio - Organisation Fonctionnelle des Communautés de Microorganismes Marins3 crédits36h
TIM - Trends in Microbiology3 crédits24h
MBSH - Microbiote et Biodiversité en Santé Humaine6 crédits36h
IRD - Immunologie et Réactions de Défense6 crédits48h
IBA - Interactions Microbiennes3 crédits32h
AES - Microorganismes et Stress3 crédits32h
BMV - Bases de la Mycologie et Virologie3 crédits32h
BGM - Biotechnologies - Génie Microbiologique3 crédits30h

M2

Semestre 9

DEB - Diversité des écosystèmes bactériens : holobiome3 crédits30h
BPS - Biologie synthétique & physiologie métabolique stress6 crédits60h
Option S9 (12 ECTS)
4 option(s) au choix parmi 6
EBE - Ecologie et Biologie des Extrémophiles3 crédits27.5h
VIR - Virologie - Virosphère 3 crédits27.5h
MIM - Microbiologie Marine3 crédits27.5h
BIM - Biotechnologies Marines3 crédits27.5h
ECN - Ecologie Numérique3 crédits27.5h
BGM - Biotechnologies - Génie Microbiologique3 crédits30h
Préparation à la vie professionnelle6 crédits
1 EC d'anglais au choix selon résultats
1 option(s) au choix parmi 2
Anglais 3 crédits22h
Projet spécialité en anglais3 crédits10h
Communication2 crédits22h
Entreprise1 crédits10h
AME - Analyses Métagénomiques (EBAME)3 crédits27.5h

Semestre 10

Stage (6 mois)24 crédits
ISM - Innovation et Stratégie en Microbiologie6 crédits16h

Et après ?

Poursuites d'études

La principale poursuite d'étude est la formation par la recherche en école doctorale. Cette formation permet de préparer une thèse de Doctorat dans un laboratoire de microbiologie français ou étranger, académique ou non. Le taux moyen de poursuite en thèse après le Master MFA est d’environ 40%.

Une poursuite d'étude vise également à acquérir d'autres compétences disciplinaires telles que l'informatique (conception de logiciels dédiés aux analyses biologiques, …) ou la santé publique (épidémiologie, sociologie, économie de la santé…).

Insertion professionnelle

Le Master MFA permet également d’intégrer la vie active en tant que cadre opérationnel (Responsable, Chef de projet, Chargé de développement, Consultant, Chargé de mission) dans une entreprise innovante, dans les métiers de la microbiologie dans leurs aspects les plus actuels et où la demande et l’attente sont les plus fortes :

  • l'agro-alimentaire : étude des microbiotes associés aux matrices alimentaires et dans les processus de transformation, fermentation, sécurité alimentaire…,
  • la santé : microbiote, anti-microbien, infectiologie…,
  • l'environnement : microbiote associé à différents environnements (sols, air, glaciers…), potentiel biochimique pour la bioremédiation, écologie microbienne terrestre et marine… et aussi dans la compréhension des systèmes émetteurs de CO2 ayant une influence sur le réchauffement climatique)
  • les biotechnologies microbiennes en lien avec les domaines précédents qui requièrent la biologie synthétique.

Il permet également d'assurer des emplois statutaires d'ingénieurs d'Etudes dans des établissements publics à caractère scientifique ou technique (EPST), administratif (EPA) ou industriel et commercial (EPIC).

D’après le bilan des Spécialités Microbiologie Fondamentale et Appliquée existantes à Brest et à Rennes le taux d’insertion professionnelle après la formation est élevé.

https://nouveau.univ-brest.fr/cap-avenir/fr/page/enquetes-masters

Les + de la formation

Le Master MFA propose un cursus permettant aux étudiants d'acquérir des savoirs scientifiques de pointe en microbiologie par la maîtrise de connaissances fondamentales, de concepts, et de méthodes en regard des domaines d'application. Cette formation réunit des enseignements orientés sur les tendances et les résultats les plus récents de la recherche fondamentale et appliquée en microbiologie, associée à différents domaines tels que la santé des êtres vivants (humains, animaux et végétaux), la transformation et la production (agronomie et agro-alimentaire) et l'environnement (écologie et développement durable).

Le Master MFA permet également de fournir aux étudiants des outils indispensables à leur future insertion professionnelle grâce à des modules d'ouverture sur le monde socio-économique.

Aux connaissances disciplinaires, se joint également l’acquisition d’une culture générale débordant largement le cadre de la microbiologie, relatifs à l'éthique (bioéthique, éthique environnementale), l'économie (production, distribution, échanges et consommation, législation), la gestion et le droit.

D'autre part, le Master MFA s'attache particulièrement à l'acquisition de compétences linguistiques, plus particulièrement en anglais (langue d'échange dans les communications scientifiques) par le biais de modules entièrement dispensés en anglais.

Apport des représentants du monde socioprofessionnel participant à la formation:

La mention Microbiologie UR1-UBO est adossée à un large éventail d’unités de recherche universitaires propres ou associées (CNRS, IFREMER, INSERM, INRA, ANSES, IRSTEA, IRD, CHU) et bénéficie du soutien de plusieurs groupes industriels et des pôles de compétitivité Valorial et Mer Bretagne Atlantique.

Les laboratoires partenaires de la mention Microbiologie UR1-UBO sont des :

Unités mixtes CNRS : UMR 6197 IFREMER/UBO/CNRS Laboratoire de Biologie et Ecologie  des Ecosystèmes marins Profonds (BEEP) ; UMR 6539 IFREMER/IRD/UBO/CNRS Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR) ; UMR 8227 CNRS/UPMC Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (LBI2M) ; UMR 6290 CNRS/UR1 Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR); UMR 7144 CNRS/UPMC Adaptation et Diversité en Milieu Marin ; UMR 6553 Écosystèmes - Biodiversité – Évolution (ECOBIO).

Unités mixtes INSERM : CR 1085 Institut de Recherche en santé, Environnement et Travail (IRSET) ; UMR 1241 Nutrition, métabolismes et cancer (NUMECAN) ; UMR 1230 ARN régulateurs bactériens et médecine - BRM

Unités mixtes INRAE : UMR 1253 Science et Technologie du Lait et de l'œuf (STLO); UMR 1014 Caractérisation et maîtrise du risque microbien dans les produits carnés et produits de la mer SECALIM ; IRSTEA-Laboratoire de Rennes ; UMR 1349 Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP).

Unités propres UBO-EA 3882 Laboratoire de Biodiversité et d'Ecologie Microbienne (LUBEM)

Unités propres UBS-EA 3884 Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM)

ANSES Laboratoire de Ploufragan-Plouzané ; Laboratoire de Fougères ;

CHU Rennes, Brest

Ces différents laboratoires participent à la formation des étudiants de la mention Microbiologie UR1-UBO par leur implication en dispensant des cours, des TD et des conférences en lien avec leurs activités de recherche.

Environnement pédagogique

Conseil de perfectionnement : Il s’agit d’un conseil de perfectionnement commun UBO et UR1. Il se réunit une fois par an et est composé d’enseignants-chercheurs, d’étudiants (1 de chaque année et de chaque promotion) et de membres extérieurs (2 entreprises).

Encadrement / suivi des stages et des travaux en laboratoires L'étudiant bénéficie d'un suivi constant par un responsable pédagogique et d'un responsable/tuteur de stage.

Aide à la réussite

Des responsables d'UE disponibles et présence d'une salle de cours dédiée à la promotion.

Mobilité internationale

L'ouverture vers l'international est proposée tant au niveau du M1 que du M2 pour le stage en entreprise ou en université étrangère.